Mentre stavo per inviare il mio contributo è apparsa la tua precisazione... per fortuna quello che ti stavo per mandare non si discosta più di tanto da quello che serve a te.
Per mia esperienza ho potuto constatare che a causa della complessità geometrica delle forme dei mezzi navali, specialmente quelli subacquei, non ci sono molti SW CAD free / open source che siano anche "semplici" da usare e forniscano quel minimo di funzionalità per la modellazione, modifica e trattamento di tali forme.
Usando Linux sia a casa che per lavoro ho potuto provare solo dei SW per tale sistema operativo, in ogni caso, quelli che ho provato e che ti consiglio qui di seguito sono anche rilasciati per Windows e OS/X:
FreeCAD -> https://www.freecad.org/, https://www.freecad.org/downloads.php
Molto potente, è un vero e proprio CAD 2D/3D completo, permette di fare di tutto e di più, lo sketcher (per la progettazione 2D) è parametrico, è espandibile e programmabile, ha estensioni per la qualsiasi
Richiede un po' di apprendimento ma ci sono un sacco di video didattici in rete
Export dei modelli nei formati adatti alla stampa 3D (STL) -> SI
Inport dei modelli nei formati adatti alla stampa 3D (STL) -> SI
Modifiche al modello 3D (STL) importato per come serve a te -> non ti so dire, ma penso di sì
Solvespace -> https://solvespace.com/index.pl, https://github.com/solvespace/solvespace/releases/tag/v3.2-rc1, https://github.com/solvespace/solvespace
E' un CAD 2D/3D parametrico, molto semplice da usare, per la sua semplicità è ottimo se l'obiettivo è esclusivamente il disegno delle sezioni di scafo, purtroppo non è implementata la funzionalità LOFT che permette di creare la vista 3D completa del modello a partire dalle sue sezioni di forma arbitraria
Se si vogliono realizzare modelli 3D semplici, tipo ingranaggi, solidi di rotazione di forma arbitraria (ad esempio i siluri), cose un po' più complesse tipo i thruster come quello che ho suggerito a @Ocean's One, è eccezionale e non lo batte nessuno in quanto a semplicità d'uso.
Export dei modelli nei formati adatti alla stampa 3D (STL) -> SI
Inport dei modelli nei formati adatti alla stampa 3D (STL) -> Parziale
Modifiche al modello 3D (STL) importato per come serve a te -> non ti so dire, ma penso di no
Blender -> https://www.blender.org/
Non è un CAD, è solo un modellatore 3D per rendering, quindi non ti permette di ottenere informazioni utili quali area delle superfici, calcolo di volumi, centri di massa e altre cosette
Ha delle estensioni che permettono il disegno parametrico delle viste 2D, che, se non erro, sotto sotto utilizza il motore CAD di solvespace e quindi anche la sua interfaccia utente.
Ti permette di ottenre qualsiasi forma 3D tu possa immaginare e desiderare e la qualità è ottima tanto che viene usato anche per produzioni cinematografiche.
Export dei modelli nei formati adatti alla stampa 3D (STL) -> SI
Inport dei modelli nei formati adatti alla stampa 3D (STL) -> SI
Modifiche al modello 3D (STL) importato per come serve a te -> SI
Ti sonsiglio di installarli tutti e tre ed usare di ciascuno le funzionalità che meglio si addicono alla parte di lavoro che devi svolgere.