Alle 23:41 i cacciatorpediniere invertirono la rotta ed i sei barchini, con al comando il tenente di vascello Luigi Faggioni, si diressero verso l'obiettivo. Gli altri battelli erano pilotati dal sottotenente di vascello Angelo Cabrini, dal capo meccanico di seconda classe Alessio De Vito, dal capo meccanico di terza classe Tullio Tedeschi, dal secondo capo meccanico Lino Beccati, dal sergente cannoniere Emilio Barberi. Tra i partecipanti anche Fiorenzo Capriotti, che venne preso prigioniero nel successivo attacco a Malta in cui si meritò la medaglia d'argento al valor militare.

I sei MTM dovevano forzare durante la notte i tre ordini di ostruzioni della baia distribuiti lungo le sei miglia di estensione della baia stessa. La prima ostruzione venne superata senza problemi, mentre il battello di Barberi si impigliò nella seconda ma riuscì a proseguire. Alle 02:45, passata la seconda ostruzione, Faggioni decise di accelerare, nonostante alcuni proiettori da ricerca stessero perlustrando le acque. Alle 04:30 venne avvistata la terza ostruzione, che viene superata passando in un piccolo varco tra l'ultima boa e la costa. Alle 04:45 gli incursori rimasero in attesa fino a che le luci dell'alba permisero di individuare chiaramente le sagome degli obbiettivi ancorati in rada. Faggioni dopo aver perlustrato gli ancoraggi col binocolo fece fare altrettanto agli altri incursori, ed assegnò ad ognuno i bersagli.

Alle 05:00 i battelli partirono coi motori al minimo per l'avvicinamento finale ed i barchini di Angelo Cabrini e Tullio Tedeschi centrarono lo York, che venne portato all'incaglio, ma con danni talmente gravi che non venne comunque recuperato; un altro, pilotato dal sergente cannoniere Emilio Barberi centrò la petroliera Pericles da 8.324 t. Faggioni, che si stava dirigendo verso una petroliera, vide sfilarle da dietro una unità da guerra, l'incrociatore Coventry, che si era rifornito dalla stessa durante la notte, e cambiò la direzione del battello verso la nave che prendeva velocità, ma visto anche che i battelli non erano fatti per puntare bersagli in movimento, mancò il suo bersaglio programmato centrando la banchina di un molo. Un barchino venne recuperato intatto dagli inglesi. Tutti gli incursori, Faggioni, Cabrini, Tedeschi, De Vito, Beccati e Barberi, tutti miracolosamente illesi, per l'azione verranno decorati con la Medaglia d'Oro al Valor Militare sul campo, la più alta onorificenza italiana.

La York venne giudicata non recuperabile, e parte del suo armamento venne utilizzato per allestire postazioni fisse durante la battaglia di Creta; il relitto venne distrutto con cariche da demolizione dal suo equipaggio prima della cattura di Creta; il relitto venne trainato nel marzo 1952 a Bari dove venne demolito. La petroliera Pericles fu talmente danneggiata nelle strutture che, a rimorchio di un cacciatorpediniere, affondò il 14 aprile 1941 in rotta verso Alessandria durante un fortunale.

La battaglia in sé si compone di due scontri distinti: uno combattuto nei pressi dell'isolotto di Gaudo tra la mattina ed il pomeriggio del 28 marzo, ed un secondo al largo di Capo Matapan nella notte tra il 28 ed il 29 marzo.

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