Hai controllato le proprietàdella barra delle applicazioni?
Cliccaci sopra con il tasto dx del mouse, e prova a controllare le varie voci sotto la dicitura: "Aspetto della barra delle applicazioni".
Magari hai settato sempre in primo piano, o qualcos del genere.
Però, dovresti dirci se hai lo stesso problema anche con altri giochi, perchè se così non è, è proprio strano, e non riesco proprio a capire cosa possa essere.